Отец Иоанн освятил его 17 декабря 1901 года. Со дня освящения малого храма в нем ежедневно совершалось богослужение.

Небывалая любовь народа за добро и помощь, его огненная вера и забота о духовном облике Обители привлекли мощную поддержку и пожертвования, и всего год спустя был освящен главный престол собора во имя Собора Двенадцати Апостолов с двумя приделами. Правый – в честь Казанской иконы Божией Матери, а левый – во имя святителя Андрея Критского и преподобной Марии Египетской, освященные в 1903 году при участии отца Иоанна.

Иоанновский монастырь 1900-е гг.

Храм венчали пять мозаичных куполов с золочеными крестами, а на его западной стороне возвышалась колокольня. Пламенной молитвой благословил Батюшка монастырь: «Благодарю Господа за радость освящения своего великолепного храма, который Он дал мне устроить и украсить в столице России – Петербурге. Как бы чудом каким явился он на берегу реки Карповки – притоке царственной и великолепной Невы-реки.

Да прославляется здесь Имя Господне до скончания века, — и да процветает в Обители вера благочестивая и жизнь благочестивая сестер монахинь, да соберет новый храм в стенах своих множество благочестивого народа для молитвы и прославления Господа и для утверждения в благочестивой вере».

Насельницы Иоанновского монастыря 1910 гг.
В январе 1903 года определением Святейшего Синода Иоанновский монастырь получил статус первоклассного. Еще при жизни Батюшки его святыми молитвами и трудами монастырь стал вполне благоустроенным и находился на полном самообеспечении. В обители проживало более 350 насельниц. В монастыре были золотошвейная, белошвейная мастерские, лазарет на 10 коек, просфорная с двумя печами; в одной большой печи выпекалось за раз тысяча просфор. Перед монастырем с восточной стороны, был разбит сад, а с западной находился образцовый огород, с которого сестры ежегодно снимали большой урожай, несмотря на то, что им был занят лишь небольшой клочок земли.

В 1903 году был устроен Вауловский Успенский скит в Борисово-Глебском уезде Ярославской губернии. Сам Батюшка любил называть себя «Божиею милостию строитель Иоанновского монастыря».

Много трудов, тревог и забот принял Батюшка, стараясь устроить возможно лучше как самую Обитель, так и возвысить духовную жизнь ее насельниц. Господь помог ему насадить и вырастить могучее, многоветвистое, плодоносное древо, под сенью которого будут укрываться и спасаться от житейских бурь и непогоды многие и многие благочестивые души во все века, пока будет стоять Святая Обитель. Немало видел Батюшка утешения и радостей от преданных ему всей душой сестер Обители, начиная от настоятельницы, а также в службе Божией, во время совершения Божественной Литургии. Он часто говаривал, что чувствует себя здесь как у себя дома. Приезжал в монастырь иногда усталый, измученный и говорил, что он приехал отдохнуть.

Эту поистине свою Обитель Праведник выбрал местом своего успокоения, и после его блаженной кончины паломничество в монастырь стало еще более многолюдным. В усыпальнице с раннего утра до позднего вечера непрерывно служились панихиды. Один из современников писал:

«Тысячи богомольцев идут ко гробику Батюшки, как бы к живому своему утешителю, целителю и наставнику. Идут не только, чтобы вознести молитвы о упокоении его чистой души в месте светлее, месте покойнее, но и себе чают получить здесь утешение Христово и избавиться от всякой скорби, гнева и нужды».

В 1923 году Обитель была закрыта. Но пройдя через десятилетия страданий, забвения и запустения монастырь возродился в 1989 году.

Молитвенным предстательством святого праведного о. Иоанна Кронштадтского, трудами и авторитетом Его Святейшества, Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II в бытность его митрополитом Санкт-Петербургским и Новгородским была вновь открыта эта Обитель. Монастырь был передан как подворье Пюхтицкому монастырю.

Восстановление храма усыпальницы 1989-1990 гг.
Батюшка о. Иоанн Кронштадтский при жизни духовно окормлял эту Обитель, поэтому участие пюхтицких сестер в возрождении Иоанновского монастыря было знаменательным.

Видя вновь благолепную Обитель, трудно представить, что десять лет назад стояла мерзость запустения на Святом месте. Монастырь представлял собой печальное зрелище. В здании размещалось более 20 разных организаций. Вся структура помещений была нарушена. Необходимо было произвести огромные ремонтно-восстановительные работы, ликвидировать перегородки, стены, двери, чуждые изначальной планировке и искажавшие внутренний вид Обители.

Но постепенно, с Божией помощью, Обитель стала возрождаться. По молитвам святого Праведника Господь послал добрых людей, с помощью которых восстанавливается монастырь.

С первых дней восстановления Обитель находится под постоянным попечительством и заботой Первосвятителя Русской Православной Церкви. Вступление Алексия II на Патриарший Престол совпало с церковным прославлением святого Иоанна Кронштадтского. Святейший Владыка возглавлял празднования, посвященные канонизации Батюшки.

Святейший Патриарх совершил освящение главного храма во имя Собора Двенадцати Апостолов.

Обитель на Карповке воистину является Петербургским домом Святейшего Владыки. Его покои располагаются в бывших покоях о. Иоанна Кронштадтского. Без участия Святейшего не проходит в монастыре ни одно значительное событие и его приезд в Обитель – всегда радость для насельниц и прихожан монастыря.
Воистину сбывается пророчество о. Иоанна Кронштадтского: «Просветится место это и из неустроенного будет благоустроенным, из малоизвестного — многоизвестным».

Обитель имеет подворье с храмом святых мучениц Веры, Надежды, Любови и матери их Софии, расположенное на территории бывшей усадьбы графа Шувалова в пос. Вартемяки.

К празднованию 100-летнего юбилея монастыря воссоздан храм-часовня Покрова Божией Матери в ограде Обители.

Воистину духовным центром всего монастыря можно назвать усыпальницу дорого Батюшки, где почивают его святые мощи.

Сестры всегда во всех трудных обстоятельствах обращаются к нему с молитвою, свято чтут слова проиерея Иоанна Орнатского, сказанные сестрам у гроба святого Пастыря: «Не плачьте, теперь он ближе к Вам и уже никогда не уйдет от Вас. В нем Вы приобрели себе игумена, с Вами будут его честные останки, над которыми будет витать его бессмертный дух. Ходите на его могилу, водите к ней паломников, которые пойдут непрерывной чередой».
И теперь, как и прежде, тысячи паломников стекаются со всего мира, чтобы помолиться угоднику Божию и попросить его помощи, избавления от душевных и телесных скорбей, недугов и болезней. Молитвами Батюшки уже в наше время совершаются многие дивные чудеса. Очень часто в усыпальницу приходят и приезжают люди из разных мест с тем, чтобы рассказать сестрам о полученном исцелении по молитвам Батюшки о. Иоанна и отслужить благодарственный молебен на его могиле. Многие случаи благодатных исцелений записаны и хранятся сестрами. Часть из них опубликованы в книге «Светильник веры и благочестия».

Все сестры постоянно чувствуют помощь и незримое покровительство святого Праведного о. Иоанна Кронштадтского. Как при жизни Батюшка все время заботился о своей Обители, так и теперь не оставляет своей помощью и заступлением.